La réserve biologique de l’île Sainte-Marguerite a été créée par un arrêté ministériel en date du vingt-six septembre 2006. Cet arrêté venait officialiser une gestion menée depuis déjà plusieurs dizaines d’années, visant à une reconquête de la naturalité des peuplements forestiers, à une préservation de la biodiversité de l’île en termes d’espèces animales, végétales et fongiques relictuelles des milieux littoraux méditerranéens de la Côte d’Azur, tout en accueillant le public dans le respect du paysage et des richesses naturelles de l’île. 

L’île a été occupée depuis fort longtemps par diverses populations, qui ont successivement défriché, puis abandonné des terres rocheuses. Des troupeaux ont même pâturé sur l’île et des défrichements à vocation militaire ont été entrepris. Les formations végétales naturelles ont pu se développer normalement après l’abandon de l’île par sa population suite aux catastrophes naturelles, aux guerres et à leurs séquelles. En 1809, date où le domaine de l’État est confié à l’Administration des Eaux et Forêts, la forêt avait envahi toute l’île, à l’exception du fort où un glacis était maintenu. 

Elle héberge vingt-trois espèces végétales protégées dont cinq sont introduites ou ornementales échappées de jardin. L’avifaune est riche et variée avec cent trente-trois espèces recensées dont cent sept sont protégées. Dix espèces de chauves-souris, toutes protégées, ont été recensées sur l’île, ce qui est intéressant vu la faible taille du site, l’absence de points d’eau douce et le faible nombre de gîtes potentiels. On trouve également cinq espèces de reptiles, quarante-trois espèces de coléoptères devenues très rares dans le département des Alpes-Maritimes, sept espèces de papillons de jour ou de nuit d’intérêt patrimonial, un tiers de la richesse connue des espèces d’araignées pour le département des Alpes-Maritimes. 

Pour ce qui est de la fonge (champignons et lichens), on note une très grande richesse sur l’île Sainte-Marguerite. Une nouvelle espèce de champignons poussant sur le bois écorcé découverte en 2007 sur l’île a même été nommée en son honneur : Phlebia margaritae ! 

Dans la partie sud-ouest de l’île Sainte-Marguerite, depuis la Pointe du Dragon jusqu’à la maison forestière, une chênaie verte s’étend sur une vingtaine d’hectares. Parmi les peuplements de pins d’Alep de l’île, seuls les peuplements dynamiquement stables sont d’intérêt communautaire. On en distingue deux types : ceux qui occupent le liseré côtier et sont directement soumis aux vents et embruns et les peuplements littoraux situés légèrement en retrait des rochers maritimes. 

Le risque de départ de feux est très élevé sur l’île en raison de la forte fréquentation touristique durant la période estivale et de l’importance des peuplements de résineux par nature extrêmement inflammables. Pour éviter la destruction totale du couvert végétal par le feu et la mise en danger du public fréquentant le site, une partie importante de l’île, soit près de 40% est débroussaillée régulièrement. Par ailleurs, plusieurs équipements de lutte contre l’incendie sont présents sur l’île : un centre de secours et d’incendie, un réseau de poteaux d’incendie installés le long des allées et alimentés par un réseau d’eau indépendant du réseau d’eau potable de 5000 mètres entièrement renouvelé en 2017, une citerne pour hélicoptère bombardier d’eau… 

L’accueil du public est l’un des objectifs prioritaires, à concilier avec la préservation des milieux naturels, de la faune et la flore hébergés. Il s’agit d’assurer la canalisation du public sur les allées existantes afin d’éviter sa pénétration dans les peuplements forestiers et de limiter le piétinement et l’érosion en bordure littorale. Le public est reçu dans des aires d’accueil, qui sont régulièrement déplacées afin de pouvoir relancer la régénération naturelle des peuplements. 

Les richesses naturelles et historiques de l’île Sainte-Marguerite doivent être mises en valeur. Ce sujet a été largement développé dans le plan de gestion paysager 2017/2018 de l’île Sainte-Marguerite. Des visites guidées sont régulièrement organisées et encadrées par l’ONF. Il existe deux sentiers pédagogiques à valoriser. Les équipements d’accueil du public sont à renouveler. L’élaboration d’une nouvelle charte graphique et le remplacement des supports de signalisation et de communication  sont à prévoir. La mise en valeur des vestiges historiques doit être concertée avec l’ensemble des acteurs concernées. 

• Le montant total prévisionnel estimé des actions retenues au plan de gestion pour faire face à la fois aux effets des pressions naturelles sur les milieux (changement climatique, espèces envahissantes) et anthropiques (piétinements déchaussant les racines, piétinements de la régénération…) au profit des enjeux écologiques, paysagers et d’accueil du public en sécurité s’élève à 4 660 500 euros sur une période allant de 2021 à 2029.